目前，新冠病毒仍在全球肆虐，奥密克戎(Omicron)及其变异毒株所表现出的更快的传播速度和更强的免疫逃逸能力，可能成为今后抗击疫情的新挑战。我国现阶段流行的毒株以奥密克戎变异株BA.5.2和BF.7为主，近期也有检出BQ.1和XBB.1.5的报道。
为了更有效地助力疫情防控，迪安诊断依托三代纳米孔（Nanopore）测序技术平台，快速开发了 两步法长片段新冠病毒全基因组靶向测序流程，通过优化引物和扩增条件，使得最终的扩增产物覆盖病毒的整个基因组，扩增子的平均长度可达8000bp，充分发挥Nanopore平台对于长片段测序的优势，可快速高效地获取新冠病毒全基因组序列信息。
新冠病毒全基因组靶向测序全流程
迪安诊断两步法长片段新冠病毒全基因组靶向测序，利用叠瓦式原理设计针对病毒基因组序列的PCR扩增引物，利用随机引物和oligo（dT）对病毒正链RNA进行逆转录，随后利用多重引物对目标序列进行靶向富集，结合三代纳米孔测序技术进行实时测序分析。获得的序列信息通过三代测序组装工具canu结合自主研发的生信流程进行组装、比对和分析，最大可能还原完整基因组序列，最后使用Pangolin软件实现新冠病毒快速分型。
产品优势
1.操作简单，无需病毒分离，逆转录后一次性扩增即可获得新冠病毒基因组序列；
2.适配三代测序平台，实时快速，分辨率高；
3.数据量要求低，仅需1%的宏基因组测序数据量。
新冠病毒全基因组靶向测序检测结果示例
星号代表检测样本所处的位置，该样本中新冠病毒序列和BF.7.3较为接近，结果仅供参考。
新冠病毒全基因组测序的意义
我国新冠疫情防控策略优化之后，中国疾控中心病毒病所根据多个新冠病毒亚型在我国共循环的现实情况，制定了《我国人群新冠病毒变异株监测工作方案》。通过本方案的实施，可以实时动态监测新冠病毒奥密克戎系列变异株在中国流行的动态及其各个亚型的构成比例，具有潜在生物学特性改变的新变异株，包括临床表现、传播力、致病力等，为疫苗研制、诊断试剂评价（包括核酸和抗原等)提供科学依据。
迪安诊断此次开发的 长片段三代靶向测序流程对于今后新冠病毒的毒株型别和来源的辨别，毒株基因变异位点的解析，疫情溯源和精准防控具有重要的意义。
供稿：集团研发中心 李林
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